心胸外科历史悠久，于1959年由我国著名胸外科专家王怀乐教授主持下建立，经过几代心胸外科医生的努力，已发展成为集医疗、教学、科研为一体的专业性很强的学科。在全院同仁的大力支持下，于2006年成功进行了2例心脏移植和1例肺移植术，体外循环下心脏直视手术、冠状动脉搭桥、瓣膜置换术;肺癌食管癌根治术、气管隆突成形术、袖状肺叶切除术以及胸腔镜的各类手术等也已成为常规手术。

心胸外科现有医师6名，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师2名，目前开展床位24张，每年诊治病人数超过1000人。诊治的普胸外科疾病病种包括：肺良、恶性肿瘤;食管癌及食管良性疾病;贲门癌;纵隔肿瘤;胸部外伤;胸壁胸膜疾病;支气管扩张症;脓胸、肺大泡、肺囊肿、肺结核;肺气肿;终末期肺病;手汗症等。诊治的心血管外科疾病包括：先天性心脏病房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭和其它复杂先天畸形;风湿性心脏病及瓣膜疾病;冠状动脉硬化性心脏病;终末期心脏病;胸主动脉瘤等等。